Podobnie jak w przypadku innych technik mechanicznych, również w czasie mikrodermabrazji dochodzi do mikrouszkodzeń naskórka. Choć zasadniczo nie stanowią one żadnego zagrożenia i nawet nie pozostają widoczne, to właśnie ze względu na te niewielkie uszkodzenia skóry zabiegu nie poleca się w trądziku krostkowym i krostkowo-grudkowym. Mikrodermabrazja nie jest techniką, która pozwoliłaby zwalczyć bakterie równie skutecznie, co na przykład zabiegi z kwasów owocowych albo kawitacja, ale świetnie sprawdza się w przypadku cery dojrzałej, przesuszonej i zmęczonej.